A endoscopia é uma técnica na qual se obtém imagens diagnósticas de diversos órgãos através de um tubo flexível com óptica (endoscópio), que não machuca os animais. Os pacientes são submetidos a anestesia geral inalatória. É um exame indolor que demora em torno de 30 minutos. A endoscopia é utilizada no trato gastrointestinal (esôfago, estômago, duodeno, cólon), no trato respiratório (rinoscopia, traqueoscopia e broncoscopia), no trato urinário (cistoscopia), nas cavidades pélvicas e abdominais (laparoscopia) e nas articulações (artroscopia). Dentre as indicações de endoscopia gastrointestinal estão: vômitos constantes, regurgitação, disfagia, dificuldade e dor à deglutição, dor abdominal, remoção de corpos estranhos e coleta de material para biopsia.

Muitas aplicações da endoscopia servem para a retirada de corpos estranhos. É muito comum em cães e gatos a ingestão de plásticos, linhas, borrachas, sendo que muitas vezes esse material fica retido no estômago ou esôfago. A aspiração ocorre pelas vias aéreas e possibilita a retirada dos objetos/insetos sem trauma para o pet.

A colonoscopia é um exame endoscópio do intestino grosso e porção distal do íleo. É realizada para avaliação da mucosa intestinal e do calibre do órgão, permite a realização de coleta de material para biopsia e hemostasia de lesões sangrantes. Entre os diagnósticos mais comuns estão os tumores e a doença inflamatória intestinal.

Já a rinoscopia permite a visualização dos seios nasais; broncoscopia destinada para a coleta de secreções e lavado brônquico com o auxílio do broncoscópio.